Økonomien i UV-systemet bestemmes af følgende faktorer: udstyrsomkostninger og levetid; elektrisk effektivitet; graden af reduktion i sterilisationseffekten under drift el-omkostninger osv. Den økonomiske analyse af ultraviolet desinfektionssystemet er endnu ikke nået frem til en konklusion. Der er mange analyserapporter med forskellige konklusioner. Der er meninger om, at den ultraviolette desinfektionsenhed bruger meget elektricitet, og vedligeholdelsen og omkostningerne ved udstyret er høje. For store systemer er investeringen i udstyr højere end i ozonsystemet, og driftsomkostningerne svarer til ozonomkostningerne; men for det lille system med ren vandproduktion er investeringen lavere end ozonanordningens. Der er også meninger om, at for behandlingsskalaer på tusinder af tons om dagen eller mere er investerings- og driftsomkostningerne ved UV-desinfektionssystemet meget fordelagtige, hvilket er meget lavere end omkostningerne ved klorering og ozondesinficering. For eksempel er der analytiske data rapporter om, at når man bygger et lille drikkevandsrensningsanlæg med en befolkning på mellem 10 og 25.000, er det omtrentlige forhold mellem ultraviolet, klordioxid og ozondesinfektionsomkostninger 1:4: (8-9), for en befolkning større end for 500.000 sociale organisationer er omkostningsforholdet ca. 1:2.5:2.5.
Disse omkostningsoverslag omfatter ikke de ekstra omkostninger ved at fjerne desinfektionsprodukter og cryptosporidiumcyster, når der bruges ikke-UV-desinfektionsprocesser. Derudover viser analysedata, at investerings- og driftsomkostninger ved ultraviolet desinfektion er lavere end for klordesinficering, og desinfektionsomkostningerne er omkring halvdelen af klorens, men forskellen reduceres med udvidelsen af vandbehandlingsskalaen.
I Frankrig og det tidligere Sovjetunionen var ultraviolet desinfektion begrænset til lille udstyr. Det store etablerede udstyr var at installere ultraviolette lamper i serier i lysnettet af filtreret vand. I USA er ultraviolet desinfektion også begrænset til lille udstyr og svømmebassiner og kombineres ofte med andre desinfektionsmidler. Det er dog blevet rapporteret i praktiske anvendelser, at omfanget af drikkevandsanlæg, der bruger ultraviolet desinfektion, har overskredet 1,5 millioner tons om dagen.